У Subversion (во всяком случае, у линуксовой версии 1.7) есть странная на первый взгяд особенность: свежедобавленные PHP-файлы при первом же коммите получают свойство svn:executable и становятся исполняемыми, что вовсе не требуется. Предполагая, что это не баг, а фича, заглянул в конфигурационный файл ~/.subversion/config — так и есть. Subversion может выставлять некоторые свойства свежедобавленным файлам. Такое поведение можно настроить. Во-первых, глобально включить — нужный параметр находится в секции [miscellany]:

### Set enable-auto-props to 'yes' to enable automatic properties
### for 'svn add' and 'svn import', it defaults to 'no'.
### Automatic properties are defined in the section 'auto-props'.
enable-auto-props = yes

Во-вторых, настроить, какие именно свойства надо установить:

### Section for configuring automatic properties.
[auto-props]
### The format of the entries is:
### file-name-pattern = propname[=value][;propname[=value]...]
### The file-name-pattern can contain wildcards (such as '*' and
### '?'). All entries which match will be applied to the file.
### Note that auto-props functionality must be enabled, which
### is typically done by setting the 'enable-auto-props' option.
# *.c = svn:eol-style=native
# *.cpp = svn:eol-style=native
# *.h = svn:eol-style=native
# *.dsp = svn:eol-style=CRLF
# *.dsw = svn:eol-style=CRLF
*.pl = svn:eol-style=native;svn:executable
*.pm = svn:eol-style=native
*.php = svn:eol-style=native

В моём случае и для перловых модулей, и для PHP-файлов среди свойств значилось svn:executable — убрал.