LilyPond умеет генерировать из одной партитуры кучу MIDI-файлов для разных партий, где одна партия звучит громче остальных и исполнена (если хочется) другим инструментом — это весьма полезно для разучивания нот хором на слух.

А Frescobaldi умеет вставлять в лилипондовый исходный файл код, который и включает эту красоту: Tools → Setup New Score… Ctrl+Shift+N,

после чего в открывшемся окне на вкладке Parts надо поставить галочку у пункта Rehearsal MIDI files.

При компиляции файла filename.ly помимо файлов filename.pdf и filename.midi создаётся куча файлов с именами filename—voicename.midi, в которых и находится нужный звук. А точнее — нужные MIDI-команды.