В перловых скриптах (во всяком случае, в тех, что запущены в юниксоподобных системах) определить, запущены ли они из-под отладчика, достаточно просто — надо проверить, существует ли переменная окружения PERLDB_PIDS:

my $DEBUG = exists $ENV{PERLDB_PIDS};

Однако в отладчике, встроенном в Komodo IDE 8.5, такой способ не работает — вместо PERLDB_PIDS устанавливается другая переменная PERL5DB со значением, например, BEGIN { require '/opt/komodo/lib/support/dbgp/perllib/perl5db.pl' }. А в штатном отладчике переменной PERL5DB нет. Значит, надо проверять обе:

my  $DEBUG
    =  exists $ENV{PERLDB_PIDS}
    || exists $ENV{PERL5DB};

update/20.11.2014: И снова товарищи подсказывают — есть переменная $^P. Проверил — работает везде.