Apache 2.2 у маленьких конфигурационных файлов, вызываемых из основного, не использует расширение (хотя и не запрещает его применячть, конечно же). Старый Апач 1.3 — использовал. Как выяснилось методом тыка и чтения stackoverflow, новый Апач 2.4 — снова использует, во всяком случае команды a2ensite something и a2dissite something пытаются найти файл sites-available/something.conf. Да и в остальных каталогах /etc/apache2/*-available — куча conf-файлов.

Значит, при неизбежном когда-нибудь обновлении апача надо будет вспомнить о необходимости переименования конфигурационных файлов.