Линуксовая команда sort (во всяком случае, в Ubuntu 16.04 LTS) почему-то сразу сортирует без учёта регистра, хотя такое поведение должно включаться специальным ключом -f либо --ignore-case. Ключа --no-ignore-case для выключения такого поведения нет. Выход — сортировать перловым однострочником

perl -0777 -ne 'print join "\n", sort split "\n"'