Я пробовал добавлять в граф невидимые вершины и рёбра для того, чтоб управлять положением видимых вершин. Но есть и другой способ: можно поместить вершины в один кластер — вершины сдвинутся:

digraph G {
    graph [ rankdir=LR ]
    node [ shape=box, fontname="PT Mono", fontsize=32 ]

    subgraph cluster_values {
        color=blue
        style="rounded,dashed"

        "'value'" [ fontcolor=grey, color=grey ]
        42
    }

    name [ shape=cds, style=filled, fillcolor=wheat ]
    name -> 42
}

Попутно обнаружился ряд интересных моментов:

1. Имя субграфа должно начинаться со слова cluster для того, чтобы можно было его раскрасить и подписать. Если не будет, то параметры style, color, fillcolor, label и аналогичные будут проигнорированы.
2. Если субграф используется только для группировки вершин, а отображать его совсем не надо, можно дать ему любое имя, но в таком случае надо добавить параметр rank=same для того, чтобы вершины выстроились рядом.

Рисую ориентированный граф с помощью GraphViz, понадобилось нарисовать одинокую вершину, ни с чем не связанную.

digraph G {
    graph [ rankdir=LR ]
    node [ shape=box, fontname="PT Mono", fontsize=32 ]

    name [ shape=cds, style=filled, fillcolor=wheat ]
    name -> 42

    "'value'" [ fontcolor=grey, color=grey ]
}

Вершина оказывается слева, но я хочу сдвинуть её правее. Подсмотрел на stackoverflow идею сделать невидимое ребро и попробовал применить её в своём случае. Для начала попробуем добавить ещё одну вершину и связать её ребром с той, которую надо сдвинуть — успешно:

none -> "'value'"

Сделаем невидимым ненужное ребро:

none -> "'value'" [ style=invis ]

и ненужную вершину — тоже. После этого получится именно то, что надо:

none [ style=invis ]