В свежем Debian GNU/Linux (вроде, и в Ubuntu 16.04 LTS четырёхлетней давности аналогично) для синхронизации часов используют не ntp, а timesyncd. Только оно по умолчанию не работает — ни на рабочем компьютере, ни на домашнем ноутбуке.
Начал разбираться — выяснил:
- Настройки хранятся в /etc/systemd/timesyncd.conf: там есть адрес основного сервера для синхронизации и список запасных — и оба этих списка закомментированы. Понятно, что надо раскомментировать плюс можно в качестве основного адреса указать тайм-сервер своего провайдера.
- VirtualBox препятствует синхронизации — его можно запустить (sudo VBoxService --timesync-set-start — мне не помогло) или совсем проигнорировать, если используется редко, как я и сделал.
После этого останется лишь перезапустить демонов и время наконец-то станет точным.